Ξεκίνησε την καριέρα του από τις ακαδημίες του Απόλλωνα Σμύρνης και συνέχισε στις ακαδημίες του Παναθηναϊκού. Τον Δεκέμβριο του 2006, μετά από υπόδειξη του προπονητή του Παναθηναϊκού Βίκτορ Μουνιόθ στη διοίκηση της ομάδας, ο Νίνης υπέγραψε το πρώτο του επαγγελματικό συμβόλαιο. Είναι από τους νεότερους ποδοσφαιριστές που έχουν αγωνιστεί στον Παναθηναϊκό σε επίσημο αγώνα και αυτό έγινε στις 7 Ιανουαρίου 2007, στη νίκη εναντίον του Αιγάλεω με σκορ 1-0, σε ηλικία 16 ετών και 9 μηνών, αφήνοντας από την πρώτη του εμφάνιση πολύ καλές εντυπώσεις.
Σκόραρε το πρώτο του τέρμα στον αγώνα κόντρα στον Πανιώνιο στις 27 Ιανουαρίου 2007 και έγινε ο δεύτερος νεότερος παίκτης που σκοράρει στο πρωτάθλημα της Α' Εθνικής, σε ηλικία 16 ετών, 9 μηνών και 24 ημερών, μετά τον Θωμά Μαύρο του Πανιωνίου. Ταυτόχρονα έγινε ο νεότερος παίκτης που έχει σκοράρει με την ομάδα του Παναθηναϊκού.
Ο Σωτήρης Νίνης το 2007 στον Παναθηναϊκό
Στις 18 Φεβρουαρίου του 2007 έγινε και ο νεότερος παίκτης που έχει σκοράρει σε ντέρμπι, πετυχαίνοντας τέρμα στον αγώνα εναντίον της ΑΕΚ, το οποίο έληξε 4-1 υπέρ των "πρασίνων" και ο Νίνης ψηφίστηκε πολυτιμότερος παίκτης του αγώνα. Στο τέλος της αγωνιστικής περιόδου ψηφίστηκε καλύτερος νέος ποδοσφαιριστής, από τους συναδέλφους του στον Π.Σ.Α.Π..
Ο Αντρέα Στραματσόνι δεν έχει μείνει ικανοποιημένος από την απόδοση του και δεν τον έχει στα βασικά πλάνα του.
Είναι αρκετά πιθανό να αποχωρήσει ο παίκτης και μάλιστα άμεσα, δηλαδή τον Ιανουάριο, όπως αναφέρεται στην «Πράσινη». Μάλιστα, ο 25χρονος μεσοεπιθετικός αναζητά ομάδα στο εξωτερικό ώστε να συνεχίσει την καριέρα του.
Αν τελικά αποτελέσει παρελθόν ο Νίνης, ο οποίος επέστρεψε στο «τριφύλλι», το φθινόπωρο του 2014 (αλλά είχε δικαίωμα να αγωνιστεί από τον Ιανουάριο του 2015), τότε ο Παναθηναϊκός θα αποκτήσει έναν μέσο box to box και όχι δεκάρι.
Στη φετινή σεζόν, ο διεθνής μέσος έχει επτά εμφανίσεις στη Super League, τρεις στο Κύπελλο, δύο στα προκριματικά του Champions League και μια στο Europa League. Πέρυσι, όντας στην ομάδα στο δεύτερο μισό της σεζόν, έκανε 10 συμμετοχές στην κανονική διάρκεια του πρωταθλήματος και έξι στα play off, συν μια στο Κύπελλο.
