Από το 1997 μέχρι το 2000 διατέλεσε αναπληρωτής γενικός γραμματέας της Ελληνικής Ποδοσφαιρικής Ομοσπονδίας, από το 2000 μέχρι το 2003 αναπληρωτής ταμίας της ΕΠΟ, το διάστημα 2003-2012 ταμίας της ΕΠΟ, ενώ τον Σεπτέμβριο του 2014 ανέλαβε την προεδρία της ΚΕΔ, μετά την παραίτηση του Γιώργου Καραμελίδη. Από τη στιγμή που έθεσε υποψηφιότητα για την προεδρία της ΕΠΟ, αναγκάστηκε να παραιτηθεί από το διοικητικό συμβούλιο της Κεντρικής Επιτροπής Διαιτησίας.
Το διάστημα 2000-2004 ήταν πρόεδρος στην ΠΑΕ Skoda Ξάνθη. Την τετραετία αυτή οι σχέσεις του με τον ιδιοκτήτη των ακριτών Χρήστο Πανόπουλο ήταν αρμονικές, αν και αργότερα προέκυψαν προστριβές. Χαρακτηριστική η δήλωση του Πανόπουλου ύστερα από ένα παιχνίδι Ηρακλής-Ξάνθη: ''Ποιος είναι αυτός; Δεν τον γνωρίζω.
Ο Γκιρτζίκης έχει διατελέσει εκπρόσωπος της ΕΠΟ στο διοικητικό συμβούλιο της Superleague, ενώ παρευρέθηκε ως εκπρόσωπος της ΕΠΟ σε διεθνή συνέδρια της FIFA και της UEFA σε χώρες όπως το Σίδνεϊ, το Γιοχάνεσμπουργκ, το Παρίσι, η Ζυρίχη και η Κωνσταντινούπολη.
Αν και η τοπική ένωσης έχει όπως η ίδια έχει πληροφορήσει ανοικτούς οικονομικούς λογαριασμούς μαζί του αυτό το γεγονός το αμφισβητεί και τον ορίζει παρατηρητή διαιτησίας. Και εδώ ο πρόεδρος της Ε Π Ο όλα αυτά τα γνωρίζει όπω έχετε διαπιστώσει μια και ήταν 17 χρόνια πρόεδρος Ε Π Σ Ξάνθης τίτλο που τον έχασε τον Φεβρουάριο του 2015.
Αν αυτά που καταγγέλλει η Ένωσης είναι αληθινά πρέπει ο κ. πρόεδρος της Ε Π Ο να πάει σπίτι του.Αν όμως συμβαίνει το αντίθετο τότε η ένωσης να πάει στο πίτι της,
