Μετά την παραίτηση Ν. Τόσκα από τη θέση του αναπληρωτή υπουργού Πολιτικής Προστασίας και την αντικατάσταση των αρχηγών της ΕΛΑΣ και της Πυροσβεστικής
Λϊγο νωρίτερα ο κ. Γιάννης Καπάκης επισκέφθηκε τον υπουργό Εσωτερικών, κ. Πάνο Σκουρλέτη και υπέβαλε την παραίτησή του η οποία και έγινε δεκτή.
Η παραίτησή του θεωρείτο αναμενόμενη μετά την παραίτηση του κ Νίκου Τόσκα από αναπληρωτής υπουργός Προστασίας του Πολίτη και την αποπομπή των δυο Αρχηγών Ελληνικής Αστυνομίας και Πυροσβεστικού Σώματος το απόγευμα της Κυριακής.
Επιπλέον ήταν παρών στη συνέντευξη Τύπου που είχε δοθεί στο Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη με τους κ.κ. Τόσκα και Δ.Τζανακόπουλο χωρίς ωστόσο να πάρει το λόγο και να απαντήσει στην κριτική που γινόταν για λανθασμένο συντονισμό.
Το Μάρτιο του 2014 ίδρυσε τη Δημοτική Κίνηση «Άνδρος της Ζωής μας» και σήμερα είναι Δημοτικός Σύμβουλος και επικεφαλής της ελάσσονος αντιπολίτευσης του Δήμου Άνδρου.
Ο Γιάννης Ταφύλλης έχει πλούσια επιχειρησιακή εμπειρία και πολυετή ενασχόληση τόσο σε πρακτικό όσο και σε θεωρητικό επίπεδο, σε θέματα διοίκησης, ελέγχου και διαχείρισης κρίσεων.
Διετέλεσε Γενικός Γραμματέας του Υπουργείου Εθνικής Άμυνας και Γενικός Γραμματέας Ψηφιακής Πολιτικής. Γνωρίζει σε βάθος τόσο το πλαίσιο συμβολής των Ενόπλων Δυνάμεων σε δράσεις Πολιτικής Προστασίας, όσο και τις ανάγκες της σε σύγχρονες υποδομές πληροφορικής και επικοινωνιών.
Ως Γενικός Γραμματέας ΥΠΕΘΑ του ανατέθηκε ο επιχειρησιακός συντονισμός του προσφυγικού, αμέσως μετά την υπογραφή της Κοινής Δήλωσης Ε.Ε.-Τουρκίας.
Από τον Δεκέμβριο του 2017 ο Γιάννης Ταφύλλης διευθύνει το Κέντρο Μελετών Ασφάλειας, στο πλαίσιο το οποίου, αμέσως μετά την ανάληψη των καθηκόντων του, ανέλαβε το συντονισμό δράσης για την αναμόρφωση του Συστήματος Διαχείρισης Εκτάκτων Αναγκών της χώρας.
Είναι εκλεγμένο μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου της Ένωσης των Ευρωπαϊκών Οργανισμών Έρευνας και Καινοτομίας.
